财务审计，查深查透问题
污水处理系统绩效审计最终要在环境效益、经济效益和社会效益方面做出评价，这就需要审计人员采取各种方式获取有关资料，并得出审计结论。开展绩效审计的程序与财政财务收支审计的程序大致相同，在审计方法的选用上则应体现灵活性，除常用的审阅法、盘点法等审计查证方法外，还可使用询问、专家座谈、现场取样、数理统计分析、现场拍摄、调查问卷等方法。
首先，审计人员对项目投产运行后财务管理状况、银行还贷利息分摊情况、固定资产累计折旧计提情况以及其他成本费用核算情况进行详细审查。其次，抽查某一年度进行推算，将支付的污水处理运行费用和代征的污水处理费进行比较，计算是否存在资金缺口，并分析主要原因。最后，重点审查污水处理费代征环节是否存在缺陷和不足，并根据水源种类的不同，延伸审计代征污水处理费的有关部门或单位。
座谈交流，获取审计线索
该绩效审计项目不仅涉及部门、单位较多，而且涉及的专业性内容较广。因此，在审计实施过程中，如果仅仅依靠查阅资料来了解情况、发现问题，不仅难以提高审计效率，而且会影响审计质量。审计人员通过与相关职能部门的主要负责人及专业人员座谈交流，认真听取他们站在不同工作岗位上所代表的观点和意见，及时做好记录，逐渐对该市污水处理系统的现状有了更深刻的了解，对问题的症结也有了更清楚的认识。正是基于广泛的座谈和深入的交流，审计报告明确指出当前污水处理系统运营和管理中存在的问题，深入分析产生问题的原因，并有针对性地提出审计建议，对提升审计报告质量起到了积极作用。
需要注意的是，审计人员在与被审计单位人员座谈交流时，应讲究策略。审计机关与被审计单位是一对矛盾体，询问时应充分理解和尊重对方，关系处理好了，被审计单位才会全力支持配合审计，审计才能获取真实、有价值的信息。如审计人员对第二污水处理厂进行调查时，由于该项目采用BOT(Build—Operate—Transfer 建设—经营—转让)方式建设运营，目前项目的运行管理权均属于投资建设方，每年地方政府对该污水处理厂的污水处理费用支出较大，审计人员试图从该项目的建设投资方面，进一步分析投入产出的配比及合理性，但要想获取项目建设投资和财务管理方面的资料仍存在困难，被审计单位总是以财务人员不在或账簿已调往所属公司总部为由拒绝。审计人员从污水处理厂的工作原理谈起，虚心向被审计单位工作人员了解和讨教，在其带领下到各个污水处理池查看现场，了解各种污水处理设备的功能和购买使用情况，以及各种土建工程的造价等，最终审计人员获取了部分会计资料。
现场取样，借助权威机构监测
为了解处理后的污水排放是否达标，河流水质是否得到彻底改善，是否还存在未治理的污染问题，审计人员采取了以下方法。一方面，审计人员对全市的整体环境进行实地考察，获得环境治理状况的直观印象，并对部分环境治理死角录像、拍照取证，现场取样，作为编制审计工作底稿的依据。另一方面，审计人员走访了市环境监测站，与有关人员多次交流，取得两个实时监测点从2008至2013年期间评价河水水质污染状况的主要污染指标化学需氧量(简称“COD”)的监测数据，并对这些数据进行数理统计分析，得出污水处理厂治理河水污染状况的效果。为使审计结论更具说服力，审计人员与环保部门协调，抽取十个污染源观测点，分别在正午、深夜等时点突击取样并封存，交由环境监测站化验，取得化验结果，将取样水质的COD等指标与《地表水环境质量标准》(GB3838-2002)进行对比，与环保监测部门留存的其他时点的数据进行比较，以图表的形式加以分析，更加直观和客观地评价污水处理厂运营后的环境效益。
问卷调查，获取社会效益评价
为了解社会公众对污水处理系统投资建设情况、对改善人居环境的效果情况和对提升城市形象作用等情况的满意度，审计人员针对不同的调查对象，设计了不同的审计调查问卷。通过走村到户，重点对居住在污染源附近的群众进行问卷调查，直接发放并收回调查问卷30份。由于调查面相对较小，调查结果只能从侧面说明一些问题。同时，大部分接受调查者还提出很好的建议，如政府应继续加大环境监察力度，开设环境污染举报电话等。
汇总整理，撰写审计报告
根据审计分工，审计人员分别汇总审计取证等材料，集体讨论如何对审计查出的问题进行深刻剖析，提出什么样的审计建议最具有科学性和实际可操作性。经过几番思考与讨论，在项目结束后，审计组撰写了一份全面、完整的审计报告。在这份报告中，针对发现的问题，实事求是地分析了造成这些问题的主客观原因，并提出有针对性、建设性的审计建议。审计报告向被审计单位征求意见后，以审计专题报告的形式向市政府汇报，最大限度地利用审计成果。
审计主要揭示了几个方面的问题：污水处理运行费用与征收污水处理费资金缺口较大，管网配套建设和管理不完善，中水回收利用缺少政策措施，污泥资源化利用不够等。根据发现的问题，审计提出了建议：加强污水处理费征收使用管理和污水处理设施建设管理，进一步加大宣传力度，使人们更新观念：中水和污泥经无害化处理后，是可以放心使用的。政府应制定中水回收利用激励政策，鼓励和引导企业使用中水，鼓励和引导居民小区和小城镇建设小型污水处理装置，鼓励景观和绿化工程使用中水。
