我国碳排放权交易机制主要包括交易主体、交易产品、交易中介服务机构等。交易机制、核算规则是碳排放权交易的基础性工作，多数试点省市的交易机制、配套文件较为全面，但部分试点省市的监管机制不足。
比如，在核算系数选择上，深圳市《组织的温室气体排放量化和报告规范及指南》天然气碳排放因子以高位热值进行测算，同《中国发电企业温室气体排放核算方法及报告指南》使用低位热值核算不相符。
“天然气高位热值相比低位热值，相差在水蒸气汽化潜热释放的热量，而其不会产生二氧化碳排放，因此深圳试点二氧化碳排放核查总量较实际排放量稍有差距。”专家说。
记者对比各试点省市的统计数据发现，各试点地区交易市场开市初期市场交易活跃，“炒碳”一时热度较高。此后，受区域性交易试点当地经济结构、交易规则、排放量计算方法等因素影响，多数试点交易量仅有一两笔，交易量不足1000吨，并未形成长期的交易规模。
我国目前的碳交易市场还不完善，缺乏数据、法律法规和实践支撑，在这种背景下，难免会出现企业应付者多，交易效率低等问题。
正如中国市场学会理事张锐所言，由于我国各省区市以及重点排放行业的碳排放水平、减排潜力和经济发展需求等不同，因此，全国碳排放权交易市场建设显现出复杂性和艰巨性。
此外，碳交易试点地区也暴露出很多问题。“比如多数地区只是依据行政规章建设碳交易市场，试点总量总体偏松，导致配额价格较大幅度下跌，市场活跃度不高，交易规模有限，监管体系需要进一步完善，市场参与主体的意识和能力有待提高等。”国家发改委应对气候变化战略研究和国际合作中心副主任马爱民表示。
“试点碳市场向全国碳市场过渡的机制还有待明晰，需要解决各地配额不同质不同价、交易所冗余等问题。”中央财经大学绿色金融国际研究院气候金融研究室及碳金融实验室负责人崔莹对于当前的碳交易试点也给出了较为客观的评价。
