不同于以往的流域生态补偿，《意见》以权责对等，合理补偿为原则，着力于推进流域上下游之间的相互补偿，不再单一依靠中央、省级财政给予的纵向补偿资金。
《意见》提出，流域上下游县(市、区)政府作为责任主体，通过自主协商，建立“环境责任协议制度”，通过签订协议明确各自的责任和义务。省级相关部门作为第三方，对生态保护补偿政策实施给予指导，并对协议履行情况实施监管，同时对重点流域的横向生态保护补偿给予引导支持，推动建立长效机制。
在补偿标准上，《意见》提出流域上下游地区根据流域生态环境现状、保护治理和节约用水成本投入、水质改善的收益、下游支付能力、下泄水量保障等因素，每年在500至1000万元范围内协商确定。
除资金补偿外，流域上下游地区也可根据当地实际需求及操作成本，探索开展对口协作、产业转移、人才培训、共建园区等补偿方式。同时，鼓励流域上下游地区开展排污权交易和水权交易。
