一是控新与治旧要同步进行。“控新”就是对那些水环境未受到污染、水环境质量良好的地区，要严管开发经营活动，严格控制新增污染物排放。对已经划入生态红线范围的，要及时取缔有污染物排放的经营项目。“治旧”就是对一些已经遭受污染、水环境质量较差的地区，各环境管理部门要结合自身职责，开展污染源调查，核实污染物排放总量，摸清污染底数，为政府区域水污染防治计划方案的制定提供科学依据。针对区域内各类水体水质开展生态监测，对沿江河湖库工业企业、工业集聚区环境和健康风险进行评估。开展排污口整治行动，全面清理非法或设置不合理的排污口。控新与治旧同步进行，有利于从源头全面控制污染物排放总量，改变环境污染现状，确保水环境综合整治与生态修复项目顺利实施。
二是督察与督查要双管齐下。通过中央环保督察组对各地督政，以及环境保护部对京津冀及周边传输通道“2＋26”城市开展大气污染防治督查，“大气十条”目标全面实现。因此，在江河湖泊流域污染防治方面，也可借鉴大气污染防治的经验。重点督察各地《水污染防治法》的执行情况、“水十条”措施的落实情况、河长制的到位情况；重点督查各地工业园区污水处理是否达标排放，生活污水收集率以及处理效果，各有水污染物排放的企业、个体工商户是否存在违法排污、超标排放等环境违法行为。督察与督查双管齐下，有利于形成环保高压态势，把整治力度传递给地方政府和企业，持续推进水环境质量的改善。
三是抓重点与补基础要协调共进。从“新三湖”污染状况来看，存在的环境问题各有特点，如丹江口水库主要受到农村生活、农业面源、船舶运输等影响；洱海周边旅游业发展迅猛，主要受到餐饮、宾馆等服务业污水的影响；白洋淀受多种污染因素影响。因此各地水环境整治计划的制定、专项执法行动的开展，既要抓住本地的重点污染问题，明确整治任务，还要规划基础设施建设，不断提高污水收集率和处理率。抓重点与补基础协调共进，有利于减少水污染物的排放，让江河湖泊生态系统得到自然净化、自然修复。
