生态环境部有关负责人表示，专项行动以群众满意度为首要标准，以黑臭水体整治工作为着力点，督查是专项行动的第一步，后续还将开展问题交办、巡查、约谈、专项督察。
5月-6月，督查组将分三批对全国36个重点城市和部分地级城市开展现场督查。现场督查工作结束后15个工作日内形成城市黑臭水体整治情况统计表和问题清单，实行“拉条挂账，逐个销号”式管理。
9月-10月，对问题整改情况进行巡查，提出约谈建议；10月-12月，对问题严重的城市人民政府进行约谈，对约谈后整改不力的城市，开展环境保护专项督察。
按照《水污染防治行动计划》要求，2017年，直辖市、省会城市、计划单列市建成区黑臭水体消除比例达到90%以上，各省、自治区地级及以上城市建成区黑臭水体消除比例平均达到60%以上。
为督促地方从根本上解决水体黑臭问题，推动地方进一步加快治理步伐，确保2020年如期完成治理任务。
为做好此次督查，生态环境部与住房城乡建设部组建联合督查队伍，通过自查填报系统详细掌握地方黑臭水体治理情况，开发水质监测、公众调查和现场检查三个APP平台，实现全国督查数据实时共享问题点准确定位，组织开展现场督查模拟、远程视频和微信培训等形式多样培训会，组建专业宣传队伍，做好督查期间地方黑臭水体治理典型报道，同时曝光弄虚作假行为。