通知提出，中央农村环境整治资金主要用于农村环境综合整治，包括饮用水水源地保护、生活污水治理、生活垃圾治理、畜禽养殖污染治理或含两项以上整治内容的综合类项目。
中央环保投资项目储备库是农村环境整治资金安排的基础，主要支持纳入储备库的项目，未入库项目或入库项目不符合质量要求的，原则上不予支持。通知要求各地及时申请项目入库，形成“建设一批、补充一批、退出一批”的良性循环机制。
加快项目实施和资金支出。县级政府是专项资金项目的实施主体，也是资金管理使用的责任主体。各地要推进资金支出和项目实施，强化工作调度和日常监督检查，严格专项资金审计，确保资金使用绩效，防止资金长期滞留。对前期工作扎实、具备开工条件或已开工的项目，要优先予以资金支持；对项目实施涉及的政府采购、招投标等程序方面的实际问题，要在政策范围内尽可能给予简化；根据工程进度，及时拨付资金，保障工程建设需求。
强化资金全过程监管。坚决杜绝套取、骗取、截留、挤占、挪用专项资金问题发生。对已获得其他专项资金的，不得重复安排。农村环境整治年度任务原则上应在资金下达后一年内完成，对结余资金和连续两年未用完的结转资金，将收回统筹使用。资金安排使用的有关情况，在政府网站、村务公开栏内进行公示，接受社会监督。对工作成效好、资金使用效益高的地方，在资金分配时给予倾斜；对不作为、乱作为等问题，严肃追究相关人员责任。
完善运营保障和投融资机制。各市要加快建立农村环境整治长效管理机制，完善项目后期运营保障措施，鼓励农民投工投劳，确保农村环境治理工程建得起、用得上，实现农村环境整治的常态化、长效化，彻底解决农村环境脏乱差问题。拓展农村环境保护投融资渠道，通过政府与社会资本合作、环境污染第三方治理等形式，充分发挥专项资金的引领作用。