据生态环境部介绍，就此次专项督查，是专门印制了督查行动方案的，且经过了国务院同意。督查方案明确了此次专项督查行动中各级人民政府的任务分工。按照国务院批准的专项行动方案要求，各地应于2018年3月底前完成饮用水水源地环境违法问题排查，并制定问题整治方案。
5月20日，生态环境部组织启动专项督查第一轮督查，派出273个督查组到各地展开实地督查。三天的督查发现，应于3月底完成的饮用水水源地环境违法问题排查及问题整治方案制定，至今仍有5省的个别城市没有完成，其中包括河北省唐山市、山西省晋中市、山西省运城市、河南三门峡市、四川省绵竹市、安徽省蚌埠市固镇县尚未完成整治方案制定，生态环境部说，整治方案出台滞后给后续工作带来巨大压力。
同时，也有地方政府对整治方案迟迟不予批复，广西壮族自治区崇左市环保局关于印发《崇左市环境保护局关于审定崇左市市级在用饮用水水源地环境问题整治方案的请示》报到市政府后，崇左市市政府至今未批复。
云南省曲靖市，湖南省岳阳市岳阳县，江苏省南京市，吉林省白山市，河北省唐山市，山西省运城市，陕西省安康市，山东省泰安市、日照市、威海市等虽然制定了整治工作方案，但没有明确责任单位或者责任人，具体措施和任务分工比较笼统，可操作性不强。
就专项督查，生态环境部要求要公开问题清单，定期发布整治进展情况：“包括哪个省哪个市哪个县，具体哪个水源地，具体问题是什么，采取怎样的整治方案，整治措施进展如何等等，绝不能遮遮掩掩。”但是，273个督查组督查发现，目前，湖南省湘西州保靖县公开了专项行动实施方案，但没有公开问题清单和整治进展情况；湖南省永州市个别县区未按照要求开展信息公开工作。 记者郄建荣
