“五个打通”坚持了问题导向和目标导向。“通”不是“包办”“包揽”，要求通过“贯通”“打通”的“通”来实现生态保护和污染防治领域体制机制的“通则不痛”，通过改革过渡期的“阵痛”来实现生态保护和污染防治领域体制机制的“长通”，从根本上扭转了污染防治领域的“九龙治水”局面，从根本上实现了生态保护的统一监管执法，使得生态环境部门的生态环境监管职责更加明晰。这有助于形成从山顶到海洋、从天上到地下所有环境要素的一体化、严格化监管，有利于生态保护与污染防治工作统筹协同，为污染防治攻坚战保驾护航，为生态文明建设提供体制机制保障。
协调联动贯通污染防治与生态保护，符合生态系统整体性规律
污染防治与生态保护在生态环境保护中存在因果关联性。生态破坏实质就是破坏了自然界以及人与自然的平衡关系。从生态平衡干扰、破坏的作用机理看，污染属于对生态系统的化学破坏过程，不合理的自然资源开发利用过程则是对生态系统的物理破坏过程，这两种破坏往往相互关联、不能割裂，需统筹防控。例如，采矿往往同时会产生大气、水、重金属、固废等多种污染，森林、草原破坏加剧了水土流失，也是水体中氮磷增加的重要原因。美国五大湖地区工业污染造成的酸雨，对美国和加拿大边境地区的森林和野生生物的严重破坏和损害，成为美加双边关系中的难题。
污染防治与生态保护在生态环境保护中存在过程关联性。湿地、林地、草地等具有清洁水、净化空气、调节气候、文化休闲等多种生态功能。对于城市而言，这些绿地系统被称为“绿色基础设施”，需要统筹推动保护修复，2000年以来已经为国际社会普遍接受的绿色城市建设新理念，特别注重发挥林草系统在控制水土流失、土壤侵蚀、雨水径流等营养物质传输过程的作用，并取得了较好效果。恢复河湖岸线湿地、保护修复林草系统等是防治城市雨水径流、农田退水等面源污染的重要措施；反之，若脱离面源污染产生的生态系统过程本身，单纯从产生后的末端去控制和监管面源污染，那将是事倍功半。
统一生态保护执法监管符合生态系统完整性理论，是解决所有者和监管者分离问题的必然要求。过去部门配置、机构职能划分与生态系统完整性理论不尽相符，没有形成山水林田湖草的生态系统管理方式，特别是监管者和所有者没有很好地区分开来，既当运动员又当裁判员，监管者的权威性和有效性不强，生态环境等公共利益没有得到很好的保障。全面深化改革要求监管者和所有者要分开，监管者和所有者要相互独立、相互配合、相互监督。组建生态环境部，统一并显著加强监管职能，从监管者的角度把山水林田湖草统一起来，解决了“运动员”“裁判员”集一身的问题，有利于保障国家生态安全，建设美丽中国。
党的十八大以来，原环保部门积极贯彻落实党中央国务院决策部署，统一划定生态保护红线，切实加强自然保护区监管，严肃查处资源开发生态破坏事件。改革后要总结过去成功经验，一是在自然资源开发利用活动、生态环境建设与保护修复上，强化山水林田湖草的统一监管、系统监管，相对集中生态保护方面的处罚权，整合组建综合执法队伍，实施源头（事前）、过程（事中）、结果（事后）的全过程监管，严格管控生态保护红线，强化督察问责，严格追究生态破坏责任，树立生态监管权威；二是协同发力，增强系统性、整体性和协同性，在水、海洋、土壤等方方面面都要增加“生态味道”，在督察、监测、执法、标准、规划、宣教等领域都要增加“生态内涵”，力争实现要素综合、职能综合、手段综合，统筹优化配置生态净化功能，统筹扩大环境容量、扩大生态空间。
为了更好地推动污染防治与生态保护的协调联动贯通，还需要在规划、环评、监测、评估、执法方面做进一步的基础性工作：一是完善技术规范，如生态保护规划技术规范、空间生态环境评价、自然资源开发利用环境影响评价、生态修复工程环境影响评价等，充分发挥生态保护规划与环境影响评价作用；二是构建完善的生态监测评估指标和方法体系，如生态系统生态净化功能与生态措施环境增容的评估方法、生态系统质量总体监测评估与考核办法等；三是研究提出生态保护执法规范，找准与行业管理者有所差别的统一监管发力点，加强生态监管执法能力建设。
打通地上和地下，整合国土资源部的监督防止地下水污染职责，形成地表水和地下水环境治理合力
作为本次机构改革的重要内容，国土资源部的监督防止地下水污染职责被整合进新组建的生态环境部。理论与实践皆表明，土壤污染和地下水污染不分家，地下水污染防治不从地表开始做起，也将是舍本逐末。加油站、工业园区等典型污染源影响往往涉及地下水，不少水源地取水往往兼顾地表地下，流域层面地表水与地下水存在着迁移转化的关系。
机构改革前，地表水和地下水分治，政策不协调，标准不统一，有时效果大打折扣，有时还存在管理真空。本次机构调整理顺了地表水与地下水环境的管理体制与机制，清晰了生态环境部在地表水和地下水环境质量管理中的部门职责，符合“一件事情由一个部门负责”的改革要求，有效地避免了部门间扯皮、权责不清、数据打架等现象，有利于形成地表水和地下水环境质量方面的治理合力。
为更好地推动形成地表水与地下水防治合力，建议一是要规划统筹，在流域规划中考虑地下水污染防治，分析识别地表水和地下水污染防治的重点区域及其控制要求，协同考虑综合治理措施。二是统筹加强监测调查评估工作。以饮用水水源和重点污染源为对象，整合推进原国土资源部门和环境保护部门的地下水污染基础状况调查评估工作，继续跟踪摸清污染状况。要研究将地下水监测工程纳入国家生态环境监测网络。三是在京津冀等重点区域开展地表水和地下水污染防治协同防治的试点，建立监测、评估、考核体系，充分发挥防治措施的综合效益。四是要把土壤和地下水风险防控做实。要深化土壤—地下水关系研究，分区分类构建土壤—地下水风险预警平台。
打通岸上和水里，整合水利部的编制水功能区划、排污口设置管理、流域水环境保护职责，建立“岸上挖病根、水里清血管”的联防联治机制
机构改革前，在水环境保护方面，部门立法立规造成一些概念、制度、标准、规范等交叉重复，体制机制上叠床架屋、九龙治水、多头治理，已对生态文明建设和生态环境质量改善形成了一定制约。主要表现为：一是环境保护部门的统一监督管理与水资源管理部门的监督管理的关系没有理顺；二是水资源开发利用与保护职责没有分离，造成重开发、轻保护的状况；三是一些部门间职责交叉严重，导致重复建设、多头管理、工作矛盾，降低了管理效率。
新一轮的政府机构调整明确了生态环境部水体环境质量管理的职能定位，有利于破解权力分散、责任不明的困境，有利于增强生态环境部作为主管部门的管理能力和行政权威，也有利于形成水体环境质量保护的合力，提高管理效率。
为了更好地统筹岸上和水里的水环境保护工作，建议做好如下工作：一是研究启动《水污染防治法》《水法》等法律法规修改，理顺相关法律中关于水环境管理体制制度的有关规定，研究水资源质量标准等行业规范、标准的存废问题，使法律法规和相关行业标准与机构调整相互促进。二是研究实现水功能区与水环境功能区等分区的统一，水体纳入能力与水环境容量的统一，限制排污总量意见与总量控制指标之间的统一，在此基础上建立水环境质量监测点位、入河排污口、污染源排污控制之间的逻辑关系，服务于更有针对性地改善水环境质量这一目标。三是加强水资源利用、水污染防治、水生态保护的统一，将其统一于流域水环境保护旗帜下，实现目标、手段、措施、政策的协同。特别是在设定水资源开发上限、保障水生态流量或者河湖下泄流量、强化水生态保护上要加大推进力度，充分释放机构改革对水生态环境质量改善的红利。四是在按流域设置环境监管和行政执法试点的基础上，推进各流域生态环境监督管理局组建，实现流域和区域的统筹。
打通陆地和海洋，整合国家海洋局的海洋环境保护职责，打好渤海综合治理标志性战役
近岸海域的主要污染物以陆源排污为主，各类污染物通过入海河流和入海排污口进入海洋。这需要加强管理陆源污染物向近岸海域的排放，统筹陆地与海洋保护，把海洋环境保护与陆源污染防治相结合。过去统一的海洋生态系统与条块分割的管理体制不匹配，陆海污染防治难以统筹，多头管理易监管缺位，监管缺位又为一些地方政府和企业污染却不用担责创造了“便利”。
《中共中央关于全面深化改革若干重大问题的决定》提出，建立陆海统筹的生态系统保护修复和污染防治区域联动机制。此次机构改革将原国家海洋局的海洋环境保护职责划入到生态环境部，解决了陆源污染物排海控制和监管面临的“环保部门不下海，海洋部门不上岸”的困境，化海洋污染防治和海洋生态环境保护的被动为主动。
建议以渤海综合治理攻坚为突破口，统筹加强陆域污染治理、海洋生态保护、港航污染治理。近期，重点加强入海排污口监管，整治不达标入海河流，对重点海湾与近岸海洋生态环境进行修复，并明晰海洋生态环境保护路线图，显著增强基础能力，参与全球海洋生态环境治理相关工作。要研究建立淡水和海水有关标准、规范的衔接机制，研究陆上、海上排污许可的统筹整合，研究陆海环境影响评价、督察、损害赔偿制度协调问题，推动内河、近岸海域、海洋对于船舶等污染防治的联动机制。要研究提出海洋纳污能力测算技术要求和总量控制要求，在有条件的地区，探索按照海洋生态环境保护要求，反推或者加严陆域、入海河流氮磷控制。
打通城市和农村，整合农业部的监督指导农业面源污染治理职责，打好农业农村污染治理标志性战役
党的十九大报告中明确提出开展农村人居环境整治行动。我国发展不平衡不充分问题在乡村最为突出，农村基础设施和民生领域欠账较多，农村环境和生态问题比较突出，乡村发展整体水平亟待提高。改善农村人居环境，一方面是满足老百姓对美好生活、美好生态的需要，打造美丽乡村，为老百姓留住鸟语花香田园风光，另一方面直接关系到米袋子、菜篮子、水缸子乃至区域生态环境整体安全。由于城乡二元结构，生态环境保护的城乡差距日益凸现，有限的生态环境保护资源主要配置在对城市和工业的污染防治上，长期投入不足使得农村生态环境保护滞后，出现了“城市污染农村的气和地、农村污染城市的菜和水”的恶性循环。开展农村人居环境整治，治理农业农村污染，加强农业面源污染防治，严禁工业和城镇污染向农业农村转移，是实施乡村振兴战略的重要任务，也是统筹城乡发展的关键环节。
划入原农业部门的监督指导农业面源污染治理职责，打通了“城市和农村”，将城乡污染防治有机统一。要注意的是，农村生态环境保护，不同于城市和工业的生态环境保护，打通城市和农村不是简单地将城市和工业污染防治的模式直接套用在农业农村污染防治上。要以农村垃圾、污水治理和村容村貌提升为主攻方向，推进乡村环境综合治理。
建议一是统筹城乡建立生态环境保护目标责任体系，一并落实党委和政府的农村生态环境保护责任，生态环境部门统一监管，相关部门分工负责，构建党委领导、政府负责、社会协同、公众参与、法治保障的农村生态环境治理体制。二是以改善农村人居环境为目标，治理农村生活污水垃圾，强化饮用水水源地保护，推进畜禽养殖污染防治，加大农业面源污染防治监督指导力度，加强环境执法监管力度，打好农业农村污染治理标志性战役。这方面要城市和农村相对统一标准，特别是在源头准入方面要注意避免污染转移，治理规划安排也要兼顾城乡。三是推动环境管理和治理设施的城乡统筹联动。在供水以及污水处理、垃圾处理等环境公共服务方面，乡镇和农村可以充分依托、利用市县的基础设施。市县生态环保综合执法队伍可以下沉到重点乡镇或者按照乡镇联片设置，依托综合治理网格加强生态环保的巡查、管理力量。
打通一氧化碳和二氧化碳，整合发展改革委的应对气候变化和减排职责，助力协同控制红利释放
改革前，条块分割的管理体制使应对气候变化和大气污染防治职能分属不同部委，原环境保护部应对气候变化职责授权不足，难以从源头上形成大气污染物与温室气体协同控制的战略决策和政策规划，在很大程度上也限制了地方和企业大气污染物与温室气体一体化管控工作的落地开展。
此次职能调整契合气候变化作为环境问题的根本属性，符合国家应对气候变化管理协同优化高效的宗旨要义。从机理上讲，大气污染物和温室气体排放主要源自化石燃料燃烧，具有同源同步性。前端的节能增效和过程的清洁生产是协同控制的主要手段，相比末端污染治理协同减排效果更好。从管控实践看，以应对气候变化、防范环境健康风险为核心的环境管理模式已成为主要发达国家的现实选择，其中美国、欧盟、澳大利亚、日本等主要发达国家已将温室气体纳入污染物范畴，将环境质量目标与减缓、适应气候变化挂钩，积极推进多污染物的综合协同控制，实施统一的环境监管。
为推动此次机构改革红利释放，建议加快形成体现协同理念和反映新时代要求的应对气候变化整体思路，加强能力建设，积极推进气候变化治理体系现代化建设。一是应强化对应对气候变化工作的规划引导，组织力量研究制定新形势下应对气候变化战略规划，积极推动战略规划实施，促进国内绿色低碳转型，同步实现节能减排减碳的多重效益；二是可依托生态保护、环境影响评价等管理工作，强化气候风险防范意识，促进适应气候变化能力建设，确保“适应与减缓并重”真正落到实处；三是加强非二氧化碳类温室气体管控，研究制定非二氧化碳类温室气体总量控制方案，分阶段明确非二氧化碳类温室气体减排目标和监管范围，以平衡能源活动的二氧化碳减排压力；四是将气候变化和低碳思想全面融入生态环境政策、规划、标准、监测、执法等工作中，更加关注将气候变化工作与常规污染物控制协同推进到国内层次、地方操作上，将气候变化工作向市县延伸、向基层延伸、向企业延伸。强化人才队伍建设，进一步夯实制度政策和能力队伍基础。五是要结合国家政治外交利益与诉求，引导应对气候变化国际合作，多打“一带一路”绿色化、低碳化品牌，协同推进全球环境治理。◆吴舜泽 和夏冰 郝亮 殷培红 冯相昭
