目前，我国对湖泊、河流的治理目标执行的标准还是2002年颁布的《地表水环境质量标准(GB 3838-2002)》。依据该标准，水体健康与否主要是看化学需氧量(COD)、氨氮、总磷、总氮、部分重金属、溶解氧等物理、化学指标和大肠杆菌卫生指标。该标准对于水体评价来说易于监测和比较，却并不全面。因为水质只是自然水体评价的一个重要方面，但仅仅靠水质指标来评价湖泊、河流的生态环境状况，并没有反映水生生物因子，显然是不合理的。实际上，依据生物指标的评价有其优越性。
此外，依据该标准，一些地方对于受污染水体的治理往往停留于截污和围网拆除，拒绝进一步的生态修复措施；有的地方甚至简单地采取换水和固化岸坡等办法，为了快速实现水质达标而破坏生态。
健康的自然水体孕育着各类动物、植物、微生物，这些生物的生命活动驱动着水、底泥、大气之间的物质循环，形成自我净化能力。即使在季节演替中有个别指标短暂超过水质评级的数值范围，也将自然恢复。相反，一些靠高成本手段维持水质的水体，即使表面上达标，实际上却不具备健康的生态系统和良好的自我净化能力。
所以，无论从评价的科学性还是从约束导向作用来看，对水体的评价都需要有生态指标。水环境是否健康，还要看水是否适合生物的生命活动需求，水里的鱼、藻、底栖生物是否和谐共生，是否能呈现清水绿岸、鱼翔浅底的景象。
湖泊生态系统（制图：崔永德、王姝然）
为此，水生所研究员、全国政协委员徐旭东建议，在现有水质评价指标的基础上，进一步制定内陆水体的生态评价指标体系。
1水体生态评价标准和综合评级办法的制定。
建议由生态环境部牵头，组织中国科学院相关研究所、中国环境科学院、中国水利水电科学院以及高校的科研力量研究制定标准。在水体植被盖度、浮游植物和微生物群落、水中和底栖动物组成等方面，基于生物调查、遥感、DNA监测等技术手段，凝练出易监测、可考核的核心指标；与水质指标协同运用，设定生态评价指标应用范围和综合评级办法。评级不是依据各单项指标的简单递减、递增或赋分加权，而是依据水体演变规律，以及地域和水体生态类型对水质和生态指标进行综合评价。可考虑运用智能数据处理技术。
2生态评价标准和综合评级办法的实施。
推行生态评价标准可分两步走。第一步是选择有地域代表性的省市作三年试点工作，试验新评价体系的可行性和效果；同时，作为参考评价标准在其他地区推广，即在其他地区仍以水质作为主要评价指标，但可参考生态评价结果加以权衡纠正。在第一步发现的问题应加以修正和补充。在试点试行的过程中，开展生态监测技术培训，使各地生态环境保护部门有足够的技术力量履行职责。在此基础上，第二步是把水质和生态的综合评价作为硬性的考核依据在全国实施。
3发展和推广水生态修复技术。
在制定和推行生态评价标准的同时，大力发展和推广水生态修复技术，努力促进技术流程的标准化和向环保企业的转移转化。不仅要让水体生态可评价，还要让生态修复可实现。
或许，曾为杭州G20峰会水环境保障和西湖水体景观美化做出贡献的水生所西湖科研团队的相关经验和研发成果可以推广借鉴。
针对影响西湖水体富营养和水生态退化的关键问题和技术瓶颈，该团队研发了基于胁迫响应的沉水植物种群筛选与扩繁、人工干预－系统自调控植被管护、基于香灰土底质改良的水生植物修复等系列技术，提出了低等藻类异常增殖控制技术、沉水植物恢复与群落优化调控技术等。他们指导建设了西湖生态修复示范工程，在一个多平方公里湖区重建了稳定的沉水植物复合群落，形成了沉水植物群落结构优化、生物多样性高的良性水生态系统格局，打造了壮观的“水下森林”景观，水体透明度、浮游植物和浮游动物多样性明显提高，生态效应显著。为擦亮西湖这张“城市名片”，助其成功入选世界非物质文化遗产打下良好的基础。
