1、虫害滋生
也敢指的就是小麦或者是玉米收割了之后剩下的那一部分，秸秆还田并不是说将这些秸秆直接堆到田地上，而是要先把它们粉碎，然后均匀的扑在农田当中。闲的时候农民焚烧秸秆居然会污染环境，但却能够把秸秆上面的害虫也给烧死，秸秆还田之后，虽然说秸秆已经粉碎，但却没办法把上面沾染的虫卵给粉碎。等到还填了之后，这些虫卵就会得到最好的繁殖环境，从而出现大面积的虫害，影响到农作物的生长。
2、增加种地的成本
农民如果说焚烧秸秆的话，只要点一把火就可以了，但如果要实施秸秆还田，可不是一个人就能办得到的，除了要粉碎秸秆之外，还要把秸秆收集好，并且扑到田地当中，这是需要浪费大量的人力物力及精力的，这就在定程度上增加了农民种地的成本。现在在农村种地本来也赚不到什么钱，要是再花费时间去秸秆还田的话，那么损失就更大了。
3、粮食减产
当初秸秆还田的目的是为了让这些秸秆在田地当中腐烂，然后变成天然的肥料，可是秸秆想要腐烂需要很长的时间，有的时候来年开春播种了，还没有完全的腐化。都要播种了，但秸秆还没有腐化，那么肯定会对播种造成影响，会影响到出苗率，出苗率少的话，那么就会影响到粮食的收成。
焚烧秸秆会污染环境，但是秸秆还田又会带来上面的这三大危害，农民朋友现在是进退两难了。农民现在希望的就是能够有更好的处理方式，既不会污染环境，又不会对庄稼造成影响。
