跨区域、跨流域的环境问题历来是环境监管的难点。晋陕蒙交界的“黑三角”、渝黔桂交界的“锰三角”，都是历史上环境问题聚集的地区。同时，环境污染已超越了行政区域的范畴，日益成为区域性环境问题。如淮河流域水污染、京津冀大气污染等，需要区域内各地方政府及其环保部门加强合作。
建立健全跨区域和流域的环境监管联动机制。要建立和完善定期联席会商、信息互通共享、联合采样监测、联合执法监督、敏感时期预警、协同应急处置、协调处理纠纷、开展后督察工作等具体机制。
加强对预防和处置跨区域流域环境污染纠纷工作的考核。环境保护部将“跨省界环境污染纠纷预防和处置情况”作为对省级环保部门一项重要考核内容，要求各省级环保部门建立健全预防和处置跨省界环境污染纠纷省际联动工作机制。环境保护部还将强化考核的指挥棒作用，督促各地加强制度建设。
探索开展联合执法、区域执法和交叉执法等跨区域流域联合监管新模式。在落实国务院《大气污染防治行动计划》的执法督查工作中，环境保护部对京津冀及周边地区每月开展一次全面督查，并采取联合执法、交叉执法等形式。下一步将在此基础上进一步探索完善对重点区域和流域的联合执法、区域执法、交叉执法机制，形成区域流域协同监管的常态。
