为保障南水北调输水安全，河北省由南水北调中线建管局河北水质监测中心负责水质监测，采用固定实验室、5座自动监测站、移动实验室3种监测方式，对水质进行24小时不间断监测。
据了解，河北省根据国家有关法律规定和本省实际情况，在干渠两侧划定了水源保护区。河北省干渠共500余公里长，两侧保护网外延50米为一级水源保护区，不得有任何与供水设施和保护水源无关的建设项目，外延200米~2000米为二级保护区范围，禁止任何排放污染物的建设项目，已建成的由县级以上人民政府责令拆除或关闭。
由此约有200多家污染企业要搬迁或拆除。通过水源保护区的划定，可以达到对干渠水质的深度、长效保护。
南水北调中线调水渠道在河北省为全封闭，采用立体交叉形式穿越沿线河渠沟道，为预防万一出现的污染水体情况，沿线设置退水闸，通过关闭上下游闸门，能够及时截断并处理受污染的水体。
