1、设施老化、基础薄弱
有些地区现有的农田灌溉水利工程普遍存在设施老化、年久失修、维护不及时、维修不到位，严重影响灌溉功能，造成灌溉效果逐渐下降甚至丧失。有的地区即使有新建灌溉工程建设项目，但也因后续资金不足出现停工停建现象，使节水灌溉工程无法按时完工投入使用，影响了水利工程体系的建设。
2、资金机制不健全、监管不彻底
近年来国家虽然加大了投入力度，但各地仍普遍存在投入机制不健全，资金投入仍是以国家投入为主要形势，投资主体过于单一，缺少社会各界资金的投入，而且投资机制也不够健全，缺乏有效有力的监管措施与监管力度，造成专项资金不专用，严重影响了农田水灌溉工程的建设和发展。
3、缺乏宣传与推广
现阶段我国的农田水利节水灌溉只是在部分地区采用，并未在全国范围内推广使用，尤其是一些偏远、经济较落后以及水资源相对不缺乏地区，对农田节水灌溉工程的参与性与认识性不高，还停留在传统农业生产模式中，相关部门缺乏必要的宣传与推广，使人们不能及时了解并认知农田节水灌溉的益处与历史意义，严重阻碍了农田水利工程的良好发展。
4、缺乏地区、地域规划
在一些地区农田节水灌溉工程建设较好的地区缺乏科学布局、合理规划，没有针对本地区的实际情况因地制宜，而且已建成的设施、设备和高效节水灌溉新技术没有得到及时推广应用，造成投入高、应用少、收益低的局面，严重影响了农业经济于农田节水灌溉工程的持续发展。
5、职权不清、提高专业队伍的专业水平
一些地区农田水利工程存在着管理无序、职责不清、管理脱节、责任不到位。出现问题相互推诿的不良现象，日常缺少有序的管理，有的地区甚至出现人为、恶意的对农田水利工程破坏的行为，造成设施工程寿命短、使用率低。而且各地大都存在专业队伍不健全、缺乏先进的专业知识等，极大地影响了水利工程的健康发展。
