目前福州市从污水处理设施建设、畜禽养殖污染整治和工业污染防治等方面着手，深化闽江流域水环境整治。
在污水处理设施建设方面，目前荆溪污水处理厂已建成污水管网10.4公里;长乐潭头污水处理厂主体已建成，配套管网建设也已基本完成;闽侯鸿尾乡、竹岐乡，闽清梅溪镇，永泰塘前乡、葛岭镇等闽江流域1公里范围内乡镇污水处理设施建设项目已全面启动。
畜禽养殖污染整治方面，福州将闽侯第一溪、大目溪、小目溪、大义溪等部分支流周边的流域畜禽养殖场拆除列入2015年畜禽养殖污染整治计划中，目前，该流域周边畜禽养殖场绝大多数已拆除。
福州还加强工业污染防治，闽江流域12个省级以上工业区已实现污水集中处理，新建的闽清白金工业区配套污水处理厂预计年底前建成。
