深圳市水务规划设计院技术中心总监郑政认为，结合流域的自然特点、洪涝(潮)及水污染状况，根据国务院水十条、深圳市水四十条、治水十策等要求，重新审视新的建设边界，对沙井河流域水污染治理，主要基于流域及城市特点，采取如下标本兼治的治理策略：
即以2017年消除黑臭水体、助力茅洲河界河水质达标为约束，从推进厂站建设、管网完善、雨污分流、面源管控等四方面，实现流域水质安全的“治本”要求;从辅助强化截流、内源降解、开源增容、加强动力等四方面，实现助力流域水质见效的“治标”要求。
郑政认为，为确保标本治理目标的实现，按流域治理的思路重点采取“四大举措”：
1、厂站建设与管网完善相互匹配
改扩建沙井污水处理厂，将污水处理厂规模由现状15万吨/日提高到50万吨/日;同时对沙井污水厂一期实施提标改造。
确保流域厂网规模的适应性，分期分片加快污水支管网系统建设，在2020年前完成剩余814.46公里污水管网建设。
2、雨污分流与强化截流双管齐下
以流域水系为单元推进各片区的雨污分流和正本清源改造工作，该项工作是实现清洁流域的根本，但受制于其长期性和复杂性，为确保河流水质限期达标，同步考虑治标措施的辅助。
拟对近期具备沿河截污、分散总口截流处理条件的河道，近期试点建设9河7点的一级强化分散处理设施，总处理规模12.2万吨/日;结合潭头河等综合整治，提出管网结合水网建设，构筑沿河最后一道污染防线。通过必要的一级强化设施、沿河截流涵管建设，在实现河流水质快速改善同时，为流域正本清源创造缓冲时间。
3、内源降解与面源管控两手并抓
通过机械疏浚、吸除吹填、化学稳定、投加生物菌种等方式方法对河道内源污染底泥及受污染水体进行处置。持续推行垃圾分类管理制度，加快市政污泥及生活垃圾处理设施建设，确保沿河面源污染可控。
4、开源增容与加强动力互为补充
针对沙井河流域河网水系的特点，多渠道开辟河流补水新途径，积极开展沙井和燕川污水厂再生水回用、五指耙水库及新建湿地雨洪利用等两种资源利用;同时发挥感潮河段自然涨潮及其生态特点，通过建闸、引水、水系串联等工程措施，增强水体交换能力，增加河流水环境容量。
