导致城市河道黑臭的最大原因就是污水进入。内秦淮河、金川河等水系及其支流，都存在生活污水直接下河的现象。按照市“水十条”确定的目标，我市将在2017年底前基本消除黑臭河道，在黑臭河道整治决战中，给河道截污成为首要工作。
对城市水体截污，就等同于切断了河道黑臭的“病源”。以玄武湖为例，过去不少污水进入玄武湖，导致湖水富营养化、黑臭、蓝藻暴发。据玄武区政府介绍，目前玄武湖已经全面完成截污工程：周边的生活污水全部进入市政管网;“五洲”岛上污水已经全部用管网进行收集;玄武湖景区内的卫生间都设有化粪池，定期清理;周边餐饮企业全部强制安装隔油池，防止餐饮污水进入湖中。通过截污、引长江水、湿地工程等组合整治，玄武湖水质改善明显，生态得到修复。据悉，2015年到玄武湖栖息的候鸟种类明显增加，玄武湖内的鱼虾种类、数量比以前增加很多。
玄武湖环境整治的经验将应用于城市黑臭河道整治。市水务局专家介绍，我市河道截污遇到的瓶颈是城市污水管道设置不到位。以今年即将面临国考的工农河为例，随着城市建设的进展，周边已经建起了多个居民小区，但是污水主管却没有铺设到位，居民生活污水只能向河道排放。我市其他黑臭河道同样存在污水管网和截污管道缺失的现象。“我市目前一天的污水处理能力可以达到224.8万吨，但是污水处理厂存在‘吃不饱’的现象。”这位专家说，这几年我市通过建设污水处理厂，城市污水处理能力明显提升，但是配套的管网却相对滞后，这成为导致污水收集不彻底的短腿。
根据我市水环境治理行动计划，今年和明年，我市将加快城市污水管网建设和排水达标区创建，做到城市污水应收尽收，到2017年底，实现所有污水全部收集。
