环境保护税是一个征管专业性很强的税种，需要税务部门和环境保护部门通力合作，需要两个部门发挥各自优势，即环保部门在污染物排放监测上的优势与税务部门在具体税收征管上的优势。税务部门和环境保护部门合作是否顺畅有效，直接关系到环境保护税的实施效果。
污染防治是决胜全面小康阶段的“三大攻坚战”之一。人民对蓝天白云的呼唤需要各方努力。环境保护税是排污费改税的产物，是落实税收法定的结果。环境保护税需要依据税收征管法，比排污费的征管更加严格。地方政府常用的减免排污费的做法不适用于环境保护税。这样，环境保护税就能更加切实地提高污染者的成本，从而督促污染者采取有效措施，尽可能减少污染，做好污染防治工作，促进生态文明建设。
征收环境保护税的目的是通过课税来促进环境保护，但不能将环保重担全部压在环境保护税之上。环境保护税还只是将排污费改为税，征收范围还较为狭窄，不能覆盖全部污染行为。能够促进环境保护的税种本来就不只环境保护税一种。从完善税收在环境保护中的作用目标入手，需要优化绿色税制，让环境保护税和消费税以及其他可以促进环境保护的税种形成合力，以更有效地促进环境保护。
环境保护规制也非常重要。那些带来严重污染的企业，最有效的治理办法就是让它们关门。不达到排污标准的企业，不能开业，而不是多缴税就可以多污染。在这里，环境保护规制与环境保护税扮演了不同的角色，但目标是一致的，是促进环境保护水平的提高。环境保护税的征收形成更多的税收收入，合理使用环境保护税所提供的税收收入，统筹使用各种税收收入，可以为环境保护以及其他公共服务提供更丰富的财力支持。政府环境保护支出应该与经济社会发展水平相称，环境保护规制、环境保护税及其他绿色税制应形成合力。
由于环境保护税是一种新税种，可能增加企业税负的问题就需要高度关注。环境保护税开征本身就是要增加企业的排污成本，就是要促进私人成本和社会成本的一致，让企业不会生产或提供更多有害的货物或服务，但这并不是要让企业即刻死亡，而是要通过环境保护税的征收促进企业采取有效措施治理污染。企业的环境保护税负担水平需要认真加以分析。同样的名义负担，可能意味着税负和收费负担的差异。通常情况下，实际税负会大于收费负担。通过环境保护税与排污费负担的比较，可以有效地分析企业可能面临的难题，让企业的环境保护税负相对合理，让企业平稳地适应环境保护税的开征。
从中长期来看，不能有效治污又承担不起环境保护税负担的企业应该被淘汰，但需要给企业足够的时间。各地环境保护税税额的选择可以在一定幅度范围内确定，这就给了地方一定的灵活性。地方应结合当地的环境保护形势以及经济发展条件，合理确定税额水平。
环境保护税的开征，意味着向现代生态文明建设迈进了一大步，但开征还处于起步阶段。环境保护税的有效征管重要，环境保护税制的完善也很重要。环境保护税要更加有效地促进环境保护，征税范围必须扩大。目前已知的属于污染物但未在排污费征收范围之内的，一旦具备计征条件，就可以考虑列入作为环境保护税的征税对象。而对于现今未知的但在未来会认识到的破坏环境的污染物，也是未来潜在的环境保护税的征税对象。应税污染物以及污染效应的多少，都需要在环境保护税税额的设定上得到充分体现。
