业内专家分析表示，制药废水的处理难点在于废水中的某些成分有可能抑制微生物的生长，进一步降低废水的可生化性，使出水不符合排放标准。因此，提高可生化性是药企在进行制药废水处理过程中面临的主要问题。目前，制药废水的处理方法主要有物理化学法、化学法和生化法以及组合处理工艺。
其中，物理化学法可以作为预处理手段提高废水的可生化性，也可作为深度处理方法使出水达标排放。主要的物理化学处理法有混凝、吸附、气浮、离子交换及膜分离法等。
化学法是废水处理的传统方法，目前以氧化法、电解法以及高级氧化法等比较常见。
而生化法由于在制药废水处理过程中，单独采用好氧或厌氧生物处理法往往不能达到预期的处理效果，所以常用多种方法的组合处理工艺以达到排放标准。
目前，许多医药企业在制药废水处理方面也都有自己独特的方法。例如，扬子江药业遵循精准分类的原则，尝试回收利用制药废水，实现全过程管控。
对于原料药，扬子江药业在生产过程中就进行废液分类，并按照单组份和多组分分开处理，降低污水处理系统的处理压力和废液处置难度。
在对于中药废水，扬子江药业将生产过程中产生的高浓度废水和低浓度废水进行分类收集和处理，降低污水处理成本的同时，提升污水处理设施的处理效率。
对于涉及挥发性有机物(VOCs)物料的使用、输送或储存装置，扬子江药业则泄漏检测与修复(LDAR)技术，对设备、管道的密封点进行检测，有效控制VOCs的泄漏。
在污染物治理工艺和设施方面，扬子江药业优先选用国内外良好的工艺或设施进行医药废水处理，并且对排放的尾水尽量做到回收利用，实在无法回收利用的在符合法定标准的前提下，实现更低的排放浓度。
另外，扬子江药业安全环保部每年会对子公司进行2次现场帮扶及2次飞行检查，全力帮助子公司对标自查，持续改进。
总的来说，近年来制药工业发展迅速，同时产生的制药废水成为严重污染源之一，排放总量持续变大，成分也越来越复杂，新型的污染物越来越多，处理方法需要多元化。
“使用单一的处理方法进行制药废水的处理有一定的局限性，而多种技术优化组合，如前期处理以物理化学方法为主，降低制药废水的毒性，核心处理以生物方法为主，处理制药废水中的BOD和氨氮，多种处理方法相结合或能发挥更好的作用。“有药企人士表示，应根据企业制药废水的类别进行分类处理，使得排放物达标，助力制药行业打赢“蓝天保卫战”。
