净二装置恶臭治理和污水回用、雨水回用，以及外排口自动报警系统等涉污水治理项目的投用，污水回用能力超过污水处理总量的50%以上，标志着扬子石化十二五涉污治理提升到国内领先水平。
石化行业污水治理涉及COD(化学需氧量)、氨、氮、以及污水处理过程中的恶臭气味等。
十二五期间，扬子石化采用最新污水处理技术，通过预处理、生化处理等组合技术，形成了上下游配套、并拥有合理剩余能力的污水处理设施，COD单位排放强度低于政府许可15%左右;总磷降低33.3%、氨氮去除率提升2.2%。
投资超过5亿元的“碧水蓝天”项目，以污水为源水，采用超滤、膜反渗透组合技术，分两期建成的污水回用装置，处理能力达到1250吨/小时量，成品水可达700吨/小时，目前每天产水突破1万吨，并作为电厂生产蒸汽和原料水，实现高值利用;连同500吨/小时雨水回用能力，使污水回用能力达到1200万吨/年，超过污水排放总量50%，实现了污水资源化循环利用。
投资近亿元的污水池加盖项目，加盖面积超过3万平方，成功物理隔断了污水处理过程中产生恶臭气体与大气的联系，并通过负压抽送到专门处理设施，通过洗涤、吸附、高空排放处理过程，达到无害化排放。被中国石油和化学联合会全国推广。其中净二装置恶臭治理项目得到2015年中央财政400万元专项资金支持。
扬子石化污水治理成功走出了无害化、资源化、减量化新途径。
